정부가 다주택자의 조정대상지역 주택 양도소득세 중과 유예 기한을 2026년 5월 9일로 유지하되, 토지거래허가 절차로 인한 매도 지연 문제를 해소하기 위해 ‘매매계약 체결분’뿐 아니라 ‘토지거래허가 신청분’까지 중과 배제 대상에 포함하는 보완방안을 마련했다. 이에 따라 허가 심사 지연으로 인한 불확실성이 상당 부분 해소될 전망이다.
정부는 다주택자가 보유한 조정대상지역 주택에 대한 양도소득세 중과 유예 기한을 기존 발표대로 2026년 5월 9일까지 유지한다고 밝혔다. 다만 토지거래허가 심사 절차로 인해 매도 기회를 놓칠 수 있다는 시장의 우려를 반영해 제도 보완에 나섰다.
최근 토지거래허가 신청이 급증하고, 지역별 허가 처리 속도에도 차이가 나타나면서 매매 일정에 대한 불확실성이 커진 상황이다. 특히 시·군·구청의 토지거래허가 심사 기간이 최대 15영업일 소요되는 점을 감안하면, 4월 중순 이후 매수자를 확보하더라도 5월 초까지 허가 여부를 확정하기 어려운 사례가 발생할 수 있다.
이 같은 현실을 반영해 재정경제부, 국토교통부, 금융위원회 등 관계부처는 양도소득세 중과 유예 종료에 따른 혼선을 최소화하기 위해 보완방안을 마련했다. 핵심은 토지거래허가를 실제로 받기 전 단계인 ‘허가 신청’ 시점까지 인정해 매도 기회를 최대한 보장하는 데 있다.
이번 보완방안에 따르면 다주택자가 2026년 5월 9일까지 시·군·구청에 토지거래허가를 신청한 경우, 이후 허가를 받고 매매계약을 체결하면 일정 기간 내 주택을 양도할 경우 양도소득세 중과가 적용되지 않는다.
적용 기준은 조정대상지역 지정 시점에 따라 다르다. 기존 조정대상지역인 서울 강남구·서초구·송파구·용산구 주택의 경우 매매계약일로부터 4개월 이내, 즉 2026년 9월 9일까지 양도해야 중과세가 배제된다. 반면 2025년 10월 16일 신규 지정된 조정대상지역 주택은 계약일로부터 6개월 이내, 즉 2026년 11월 9일까지 양도해야 동일한 혜택이 적용된다.
또 다른 완화 조치도 포함됐다. 토지거래허가구역 내에서 다주택자가 제3자에게 임대 중인 주택을 무주택자에게 매도하는 경우, 2026년 5월 9일까지 토지거래허가를 신청하면 매수자의 실거주 의무와 주택담보대출 실행 시 전입신고 의무가 일정 기간 유예된다.
실거주 의무는 2026년 2월 12일 기준 체결된 임대차계약의 최초 계약 종료일까지 유예되며, 최대 2028년 2월 12일까지 적용될 수 있다. 전입신고 의무 역시 대출 실행일로부터 6개월 또는 임대차계약 종료일로부터 1개월 중 더 늦은 시점까지 유예된다.
정부는 제도 시행을 위해 관련 법령 개정 절차에도 속도를 낼 계획이다. 재정경제부와 국토교통부는 「소득세법 시행령」과 「부동산거래신고법 시행령」 개정안을 2026년 4월 10일부터 17일까지 입법예고할 예정이다. 이후 국무회의 심의를 거쳐 2026년 4월 내 공포 및 시행하는 것을 목표로 하고 있다.
전문가들은 이번 보완방안이 토지거래허가 지연으로 인한 시장 혼란을 줄이고, 다주택자의 매도 결정을 촉진하는 효과를 가져올 것으로 보고 있다. 특히 매도 시기를 놓칠 수 있다는 불안감이 완화되면서 단기적으로 매물 출회 증가 가능성도 제기된다.
정부는 앞으로도 제도 시행 과정에서 발생할 수 있는 시장 혼선을 최소화하고, 실수요자 보호와 시장 안정이라는 정책 목표를 균형 있게 추진해 나간다는 방침이다.
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